【史實證據(jù)】
收尸記錄
據(jù)統(tǒng)計，國際紅十字會在南京城內(nèi)外掩埋尸體總計43,121具，南京紅十字會收埋22,371具，慈善機構(gòu)崇善堂收埋112,267具，慈善機構(gòu)同善堂共埋尸7,000余具，雞鵝巷清真寺王壽仁以“南京回教公會掩埋隊”名義掩埋回族尸體400余具。僅此5個慈善團體收埋尸體就達18.5萬余具。另有中國平民芮芳緣、張鴻儒組織難民30余人掩埋尸體7,000余具;湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地區(qū)死難者遺體28,730具。
此外，日軍支持的傀儡政權(quán)對尸體也進行了掩埋。如偽下關(guān)區(qū)公所在下關(guān)、三汊河一帶收埋尸體3240具;第一區(qū)公所在城東南一帶收埋尸體1,233具;南京市政公署命偽衛(wèi)生局于1939年1月收集中山門外靈谷寺一帶遺骨3,000具，葬于靈谷寺之東，立“無主孤魂碑”記錄埋尸經(jīng)過。
南京淪陷前，日軍曾在上海、蘇州、嘉興、杭州、紹興、無錫、常州等地屠殺平民。有日本部分歷史學(xué)家曾經(jīng)懷疑中方聲稱的三十萬被殺平民，實際上包括了這批南京以外被殺的華東人口。而中國歷史學(xué)家認為若華東地區(qū)被殺人口也計算在內(nèi)的話，總數(shù)可能高達一百萬人。
根據(jù)孫宅巍(江蘇省社會科學(xué)院研究員)、高興祖(南京大學(xué)教授)的研究認為死亡30萬人以上。
廣田弘毅在致日駐美國大使館電中承認日軍在南京等地用血腥手段使“不少于30萬的中國平民遭殺戮”
【受害者人證】
李秀英，懷著7個月身孕，與3個日本兵搏斗身中37刀，
在鼓樓醫(yī)院收治并留下了影像資料。她并赴日本進行對日索賠訴訟，在審訊期間逝世。
夏淑琴，全家9口人被殺7口，她被刺傷后從死人堆里爬出。
姜根福，(1929年12月20日-)，弟弟被日本兵摔死，母親因為反抗強奸而被開槍打死，父親被抓走，二姐因反抗強奸被刀劈死。
崔金貴，親眼見慈善團體崇善堂的收尸埋尸過程，并確定崇善堂在埋尸時有計數(shù)。
尚德義，1937年12月6日上午11時被日軍抓獲，同時與1000名以上的中國男子一起被機槍掃射，絕大多數(shù)當(dāng)場死亡。他由于被尸體壓住暈倒而幸免于難。
伍正禧，在南京新華巷62號避難時，其二哥伍正保、大表哥云館、三表哥三云、表叔老王被抓走并槍殺。祖父被刀捅死，30歲的表娘被強奸。
邵翰珍，父親邵錦晴、祖父邵才潮和舅舅任發(fā)和被日軍槍殺。
皇甫澤生，保衛(wèi)南京的一個士兵。被日軍俘獲后與幾百人一起，在板橋鎮(zhèn)一個山溝里集體被日軍用機槍射殺。日軍在射殺后再用刺刀捅死幸存者。他和另一個重傷難友為僅存者。
孟憲梅，在淌水溝接水時，親眼看到日軍用多輛卡車把老百姓押到漢中門新橋橋口下面用機槍射死。
陳光秀，在南京湯山鎮(zhèn)許巷村，父親被槍殺，包括弟弟在內(nèi)的村里100多個年輕人被刺刀刺死。艾家四兄弟被扔到天空摔死。多名女性被強奸。母親因為父親和弟弟被殺導(dǎo)致憂郁而死。
劉文靜，大方巷廣場集體屠殺(一百多人)見證人。
天津工商銀行退休職工、南京大屠殺幸存者劉鐘銘當(dāng)年在南京一家商鋪當(dāng)學(xué)徒，說道：“日本鬼子進城后見人就殺，城里到處都是尸體，載著日本兵的汽車就從尸體上開過去。那個慘景，我一輩子也忘不了。”
【日方佐證】
侵華日軍各級指揮機構(gòu)當(dāng)時的命令和軍官的記錄為直接物證：攻占南京的日軍第6師團司令部曾接到命令：“不論婦女兒童，凡中國人一概都殺，房屋全部放火焚燒”。日軍第16師團長中島今朝吾的日記中也記道：“大體上不保留俘虜，全部處理之”。
1938年1月11日，日本外相廣田弘毅在電文中稱：“自從前幾天回到上海，我調(diào)查了日軍在南京及其他地方所犯暴行的報道，據(jù)可靠的目擊者直接計算及可信度極高的一些人來函，提供充分的證明：日軍的所作所為及其繼續(xù)暴行的手段，不下30萬的中國平民遭殺戮”。(吳天威，譯自華盛頓國家檔案館公開的《日、士兵的日記、證言也被列為南京大屠殺的證據(jù)：侵入南京的日軍第6師團輜重第6聯(lián)隊小隊長高城守一日記中說，1937年12月14日，他看到南京下關(guān)江邊：“尸體像漂流的木頭被浪沖了過來，在岸邊重疊地堆積著的尸體一望無際。這些尸體可能有幾千、幾萬，數(shù)目大得很”。
日軍第16師團老兵東史郎的日記(《東史郎日記》)為重要實證，例如他在1937年12月21日的日記中寫道：“哭喊著的支那(中國)人被裝進郵袋中，西本(日本兵)點著了火，汽油一下子燃燒起來。就在這時袋子里發(fā)出了一種無法言狀的可怕的喊叫聲。袋中人用渾身的力氣使袋子跳了起來，自己滾動。手榴彈在水中爆炸了，水面一下子鼓了起來，然后平靜下去”。
其他重要的日本兵日記還有：《高島市良日記》、《小原孝太郎日記》、會攻南京的日侵略軍第十六師團師團長中島今朝吾的日記等。
《朝日新聞》記者本多勝一的著作《中國之旅》，記錄“百人斬”等屠殺事件。
笠原十九司教授，日本國內(nèi)研究南京大屠殺的權(quán)威學(xué)者之一，曾多次提供南京大屠殺證據(jù)(《侵略亞洲的日本軍隊》)。